Il giovane Gon Freecs scopre che il padre, mai conosciuto, è uno degli Hunter più famosi del mondo. Gli Hunter sono dei forti combattenti specializzati in diversi ambiti e che portano avanti le proprie ricerche in giro per il mondo, oppure si mettono a servizio di qualcuno e svolgono missioni e compiti assegnatigli. Gon decide cosi di partecipare all'esame annuale per diventare anch'egli un Hunter nella speranza di ritrovare il padre.
Nel corso dell'esame Gon conosce dei giovani aspiranti Hunter come lui, che diventeranno i suoi migliori amici: Leorio, desideroso di guadagnare soldi per poter svolgere la sua professione di medico chirurgo, Kurapika, che sta svolgendo l'esame per poter vendicare lo sterminio del suo clan, e Killua, un ragazzino figlio della famiglia di assassini Zaoldyek e che diventerà il migliore amico di Gon. Col passare del tempo il manga si allontanerà dalla ricerca del padre di Gon, toccando altri temi come il distacco di Killua dalla sua famiglia o la vendetta di Kurapika contro la Brigata Fantasma, associazione di ladri e assassini a cui è affiliato Hisoka, forte e ambiguo assassino interessato a tutti coloro che potrebbero offrirgli un combattimento interessante.
Seconda grande opera di Togashi e uno degli ultimi esponenti degli shonen anni 90 ancora in circolazione, Hunter X Hunter è un epopea che si svolge in un mondo simile, ma non del tutto, al nostro e porta con se molte delle innovazioni gia portate avanti, seppur con poco, nelle ultime fasi di Yu degli Spettri: scontri strategici dove a vincere non è sempre il più forte, amore per rompicapi, grande spazio all'introspezione dei personaggi e una visione del mondo non sempre in bianco e nero.
Purtroppo presso gli appassionati Hunter X Hunter è tristemente famoso per i problemi di salute di Togashi, che spesso lo portano a pubblicare dei veri e propri schizzi e che, a partire dal 2004, lo hanno portato a fare pause almeno ogni anno o due......