Con il Nintendo 64 era iniziata la crisi di Nintendo, che aveva perso il dominio sul mercato, a favore di Sony, che con la sua Playstation seppe venire incontro alle esigenze di un pubblico più generalista e meno disposto a spendere per un videogioco. Ora però era il momento di provare a riscattarsi e così nel 2001 Nintendo presentò al mondo il cubetto, dopo averlo a lungo celato sotto il nome in codice di Dolphin. Il Game Cube andò quindi a combattere la console war contro la Playstation 2 di Sony e contro la Microsoft che col suo nuovissimo X-box si affacciava sul mercato, facendo invece uscire il Dreamcast di Sega, che da quel momento in poi rinunciò al mercato delle console per diventare una semplice software house.
Anche se le terze parti non supportarono più di tanto la console, di certo Nintendo non fece mai mancare i bei giochi al suo pubblico. Con Super Mario Sunshine e The Legend of Zelda: Wind Waker, i due brand principali Nintendo vennero presentati al pubblico in una veste un po' insolita rispetto a quello a cui ci si era abituati. Mario (che per la prima volta non fu il titolo di lancio della console) aveva una connotazione fortemente adventure e meno immediata rispetto alle dinamiche platform che Super Mario 64 pur passando alla terza dimensione conservava, mentre Zelda pur presentandosi con uno stile grafico davvero insolito, il bellissimo toon shading, cambiava drasticamente lo scenario di gioco, mostrando anche qualche scompenso strutturale. Entrambi i giochi ricevettero delle critiche e il fandom si divise in maniera bipolare, ma per fortuna nella stessa generazione Nintendo seppe dimostrare di avere in serbo molte altre sorprese. Era infatti l'epoca in cui il giocatore veniva coccolato con idee sempre diverse, e in cui Nintendo sapeva dosare i suoi brand più classici alternandoli con cose nuove: Luigi's Mansion, il vero titolo di lancio della console, inseriva il fratello di Mario in un setting horror parodistico che seppe stregare il mondo, mentre con i due Pikmin, Shigeru Miyamoto dimostrò di non aver perso il tocco, proponendo lo strategico secondo Nintendo, immerso tra le altre cose in scenari da sogno. L'embrione di Animal Crossing il "simulatore di villaggio con animaletti" che si era affacciato su 64, venne inoltre portato su Cubo e presentato al mondo riscuotendo un grande successo, e per di più Nintendo pubblicò con un colpo di scena un titolo horror considerato ancora oggi uno dei migliori del genere, Eternal Darkness. Oltre a queste novità, molti furono i brand che vennero portati avanti, alcuni normalmente come Paper Mario e Mario Kart, altri subendo una vera e propria rivoluzione strutturale: è il caso di Super Smash Bros Melee che da semplice picchiaduro si trasformò in un'enciclopedia Nintendo e dei due Metroid Prime che grazie a Retro Studios raggiunsero la terza dimensione trasformati in sparatutto esplorativi, dopo una generazione di pausa, diventando acclamatissime killer application. E in tutto questo non va dimenticata la grande antologia che per festeggiare Zelda Nintendo fece uscire in via promozionale, la Zelda Collector's Edition che comprendeva in un unico disco i due Zelda per NES e i due per 64.
Fu un'epoca ballerina dal punto di vista delle alleanze. Il brand di Star Fox venne riesumato per essere trasformato in un simil-Zelda, tale Starfox Adventures, che rappresentò l'addio di Rare a Nintendo, prima di essere venduta a Microsoft. Fu una triste perdita, tantopiù che con questa mossa Nintendo perse anche i diritti sui brand di Banjo-Kazooie e Conker, ma viste le cose minori che Rare avrebbe fatto sotto i nuovi padroni viene quasi da chiedersi se Nintendo non avesse già capito che il team non era più quello di un tempo. Donkey Kong in mancanza di Rare venne quindi affidato ad un team nuovo, che realizzò il genialissimo Donkey Kong Jungle Beat, sorta di platform che si controllava tamburellando su dei bonghi-periferica: questo team era nientemeno che la nuovissima succursale di Tokyo di Nintendo EAD, le stesse persone geniali alle quali da quel momento in poi la serie di Mario venne affidata per proiettarsi verso una galassia di qualità. Con The Legend of Zelda: Four Swords Adventure Nintendo giocò la carta del multiplayer, creando un sequel per il minigioco che Capcom aveva infilato nel remake per GBA di A Link to the Past, sequel che tralaltro sfruttava la connettività tra Game Cube e Gambe Boy Advance. Questo gioco fu il primo Zelda bidimensionale da parecchio tempo che venne sviluppato direttamente da Nintendo senza la collaborazione di Capcom, la quale tralaltro iniziò a comportarsi male sviluppando il suo Resident Evil 4 in esclusiva per console Nintendo, salvo poi farlo diventare multipiattaforma non appena le vendite andarono bene. Ma per una partnership andata male eccone all'orizzonte una ancora più improbabile, il nuovo F-Zero GX venne affidato da Nintendo direttamente nelle mani di Sega, da poco diventata una semplice software house, la quale avrebbe presto fatto uscire su console Nintendo più di un gioco di Sonic. Chi l'avrebbe mai pensato fino a due generazioni prima?
Il Game Cube di Nintendo aveva 128 bit, anche se ormai questa classificazione stava cessando di avere senso, e una grafica in grado di competere con la concorrenza. La vera novità fu che per la prima volta Nintendo rinunciò alle cartucce, optando invece per i dischi, nella speranza di rimettersi in pari col resto del mondo, questo in termini di immagazzinamento dati e di abbattimento costi portò dei pro, ma anche dei contro, dal momento che, dopo averle a lungo rifiutate, anche Nintendo si vide costretta a risolvere il problema dei salvataggi grazie alle memory card, che Sony aveva adottato sin da subito. Il problema fu però che Nintendo, non volendo piegarsi alla pirateria, scelse di sviluppare su formato proprietario, utilizzando non dei normali dischi ma dei mini-dvd che era impossibile piratare, e questo, unito al trend che vedeva il brand Playstation sempre più affermato, le negò anche questa volta il successo che meritava. Nintendo per la seconda volta perse la console war e si trovò costretta quindi a prendere delle contromisure per rimanere sul mercato. Per fortuna a differenza che col Nintendo 64, adesso esisteva una filiale europea, e i giochi non venivano più distribuiti da GIG, per cui anche se in minor numero, i titoli per Game Cube non scomparvero mai completamente dai negozi, rendendo quindi il declino del Cubo un periodo che viene ricordato come una fase crepuscolare e malinconica, non certo l'inferno di un tempo. Con l'annuncio di The Legend of Zelda: Twilight Princess in uscita in contemporanea sia per Cubo che per Wii, venne infine salutata questa console non troppo fortunata. Nintendo fece tesoro degli errori del passato, riuscendo a rimettersi in gioco in maniera del tutto imprevedibile dando inizio alla rivoluzione dei controlli.
2001
-. Luigi's Mansion (Nintendo EAD)
-. Wave Race: Blue Storm (NST)
-. Pikmin (Nintendo EAD)
-. Super Smash Bros. Melee (Hal Laboratory)
-. Animal Crossing (Nintendo EAD)
2002
-. NBA Courtside 2002 (Left Field Productions)
-. Cubivore: Survival of the Fittest (Saru Brunei/Intelligent Systems) - Solo in Giappone con marchio Nintendo.
-. Doshin the Giant (Param) - Porting da 64DD.
-. Resident Evil (Capcom) - Remake da PS. Solo in Australia con marchio Nintendo.
-. Eternal Darkness: Sanity's Requiem (Silicon Knights)
-. Super Mario Sunshine (Nintendo EAD)
-. Disney's Magical Mirror Starring Mickey Mouse (Capcom)
-. Star Fox Adventures(Rare)
-. Mario Party 4 (Hudson Soft)
-. Resident Evil Zero (Capcom) - Solo in Australia con marchio Nintendo.
-. Metroid Prime (Retro Studios)
-. The Legend of Zelda: Ocarina of Time Master Quest (Nintendo EAD)
-. The Legend of Zelda: The Wind Waker (Nintendo EAD)
-. Donkey Kong Jungle Beat (Nintendo EAD Tokyo)
2003
-. Resident Evil 2 (Capcom) - Remake da PS/N64. Solo in Australia con marchio Nintendo.
-. Resident Evil 3 (Capcom) - Remake da PS. Solo in Australia con marchio Nintendo.
-. Nintendo Puzzle Collection (Nintendo R&D1/Nintendo STC/Intelligent Systems) - Porting/Remake da SNES/N64.
-. GiFTPiA (Skip Ltd.)
-. Pokémon Box: Ruby and Sapphire (The Pokémon Company) - Rilasciato solo tramite promozioni.
-. Kirby Air Ride (Hal Laboratory)
-. Wario World (Treasure)
-. Dōbutsu no Mori e-Plus (Nintendo EAD) - Riadattamento giapponese dell'adattamento americano di Animal Crossing.
-. Pokémon Channel (Ambrella)
-. F-Zero GX (Sega Amusement Vision)
-. Mario Golf: Toadstool Tour (Camelot Software Planning)
-. Resident Evil: Code Veronica (Capcom) - Remake da Dreamcast. Solo in Australia con marchio Nintendo.
-. Final Fantasy: Crystal Chronicles (Square)
-. Harvest Moon: A Wonderful Life (Victor Interactive Software/Natsume) - Solo in Australia con marchio Nintendo.
-. WarioWare, Inc.: Mega Party Game$ (Nintendo R&D1) - Porting da GBA.
-. Mario Kart: Double Dash!! (Nintendo EAD)
-. The Legend of Zelda Collector's Edition (Nintendo EAD) - Porting da NES/N64. Rilasciato solo tramite promozioni.
-. Mario Party 5 (Hudson Soft)
-. Pokémon Colosseum (Genius Sonority)
-. 1080° Avalanche (NST)
-. Donkey Konga (Namco)
2004
-. Custom Robo (Noise)
-. The Legend of Zelda: Four Swords Adventure (Nintendo EAD)
-. Pikmin 2 (Nintendo EAD)
-. Legend of Golfer (SETA Corporation)
-. Donkey Konga 2 (Namco)
-. Paper Mario: Il Portale Millenario (Intelligent Systems)
-. Kururin Squash! (Eighting)
-. Mario Power Tennis (Camelot Software Planning)
-. Metroid Prime 2: Echoes (Retro Studios)
-. Mario Party 6 (Hudson Soft)
2005
-. Resident Evil 4 (Capcom) - Solo in Australia con marchio Nintendo.
-. Star Fox: Assault (Namco)
-. Donkey Konga 3 (Namco)
-. Fire Emblem: Path of Radiance (Intelligent Systems)
-. Chibi-Robo! (Skip Ltd./Nintendo ???)
-. Dancing Stage Mario Mix (Konami)
-. Mario Superstar Baseball (Namco/NOW Production)
-. Pokémon XD: Tempesta Oscura (Genius Sonority)
-. Geist (n-Space, Inc.)
-. Battalion Wars (Kuju Entertainment)
-. Mario Party 7 (Hudson Soft)
-. Mario Smash Football (Next Level Games)
-. Densetsu no Quiz Ou Ketteisen (Nintendo ???)
2006
-. Baten Kaitos Origins (Tri-Crescendo/Monolith Soft)
-. Odama (Vivarium)
-. The Legend of Zelda: Twilight Princess (Nintendo EAD) - Rilasciato contemporaneamente anche su Wii.
Nintendo Game Cube
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