Chiusa la bilogia letteraria coprodotta con la Disney, i Muppet si ritrovano nuovamente "da soli" al termine del nuovo millennio, nel secondo dei due lungometraggi di cui attualmente la Disney non possiede i diritti. Il film appartiene alla Columbia, ed è un film molto particolare rispetto a quanto questi pupazzi canterini ci avevano abituato. Innanzitutto è il film in cui finalmente Gonzo scopre le sue origini aliene da sempre sottintese ma mai davvero raccontate, ne consegue che, dopo il primo film, è la seconda volta in cui al cinema i Muppet interpretano se stessi e non sono calati in panni alternativi. Questa importanza per la continuity si traduce nella volontà di mostrare quale sia lo status quo delle vite di questi pupazzi, e viene quindi svelato che quando sono lontani dai riflettori abitano tutti in una gigantesca maxi-casa come se fossero studenti in trasferta. Il che è abbastanza poco credibile, specie quando vedi sotto lo stesso tetto abitare personaggi improbabili come i due vecchietti Statler e Waldorf e persino l'austero Sam. Ma data l'ottima sequenza d'apertura in cui si vede il risveglio e la colazione dei Muppet, vale davvero la pena di sospendere la propria incredulità, visto che è una fonte di gag davvero valide.
Va ricordato che nel 1999 il cast dei Muppet è aggiornato a quanto si era visto da poco in televisione nel
Muppet Tonight, sorta di revival del
Muppet Show, durato meno del predecessore ma importante per il suo aver lanciato alcuni nuovi personaggi come ad esempio Pepe, il gambero spagnoleggiante. Bé, se la sovraesposizione di Rizzo degli ultimi decenni era parsa ridondante con Pepe avviene lo stesso e si candida ad essere uno dei Muppet più presenti in queste ultime produzioni.
Sembra che all'alba del nuovo millennio molte tradizioni consolidate vengano meno, il musical di stampo Disneyano diventa fuori moda, e i nuovi partner della Henson Production fanno pressioni per abbandonare la struttura musicale rimpiazzandola con dinamiche diverse, più improntate all'azione. La colonna sonora si riduce ad alcuni pezzi funk che si sentono in sottofondo e che rendono parecchie scene alquanto sgradevoli e sottotono. Ma la rinuncia totale alla struttura musical ha in sé il germe dello snaturamento, e infatti il feeling di questa pellicola è ben diverso dalle precedenti e questi modernismi paradossalmente la rendono più datata. La storia vede Gonzo ricevere alcuni segnali da un gruppo di alieni appartenenti alla sua stessa specie, ma nel mettersi in contatto con loro è ostacolato da alcuni agenti governativi che finiscono per rapirlo, facendo ricadere su Kermit il compito di salvarlo. Il finale è carino ma tutta la parte centrale risulta alquanto deboluccia, e si sente non poco la mancanza delle canzoni, che un tempo avrebbero contribuito a oliare i meccanismi narrativi. Qualche "cameo illustre" ad ogni modo c'era ancora, come ad esempio il cast di Dawson's Creek nella scena finale, a ricordarci l'antica tradizione.
Il film floppò. Frank Oz disse che non era ben riuscito come avrebbero voluto che fosse, e i Muppet iniziarono il loro lento declino, abbandonando la sala cinematografica per ben tredici anni, e dedicandosi a film televisivi, direct to video e al massimo clip su youtube, periodo crepuscolare durante il quale vennero finalmente acquistati totalmente dalla Disney. Ancora oggi però il film viene visto come l'inizio della crisi che ci avrebbe portati al Kermit malinconico visto nel film del 2011. Kermit in un'intervista rilasciata per la tv tedesca in occasione della promozione del nuovo film avrebbe detto, con la sua solita beneducata discrezione "con tutto il dovuto rispetto a
Muppets from Space, um, non è ciò che vorresti fosse il tuo ultimo film. Ne vorresti fare uno migliore". E l'ha fatto.